1893年のイースターに九州の佐賀でアメリカからの2人の宣教師によって初めての礼拝が行われました。日本のルーテル教会はここに始まります。やがて宣教師たちを日本人が助けるようになり、日本福音ルーテル教会という形で、次第に独立した教会となっていきました。
1909年、牧師養成のための神学校を設立し、以来、幼稚園・中学・高校・大学などの教育分野で、また社会福祉の働きでも多くの点で開拓者的な働きを示してきました。
1941年、時の政府の圧力で日本のプロテスタント教会が合同することとなり、日本キリスト教団に参加しましたが、戦後1947年教団を離脱し日本福音ルーテル教会として再出発しました。戦後の宣教を開始したその他のルーテル諸派と合同し、1963年新しい日本福音ルーテル教会を組織して現在に至っています。
北海道から九州まで、全国に138の教会と、学校、幼稚園、老人ホームなどの施設をもってキリストの福音を証ししています。また、大学に社会福祉学科を持ち、社会での奉仕者を数多く送り出しています。